Preskočite na sadržaj

O grupi

(Ova je stranica također dostupna na engleskom jeziku.)

Grupa za aplikacije i usluge na eksaskalarnoj istraživačkoj infrastrukturi (engl. Group for Applications and Services on Exascale Research Infrastructure, kraće GASERI) je istraživačka, razvojna i nastavna jedinica na Fakultetu informatike i digitalnih tehnologija Sveučilišta u Rijeci.

Rev1 Ternary Complex with dTTP and Ca2+ (7T18) binding site

Uvodna prezentacija

Svijetla pozadina Tamna pozadina

Interesi

Superračunalo, također poznato kao računalo visokih performansi (engl. high performance computer, kraće HPC), nudi mnogo veće performanse od osobnog računala. Performanse se obično mjere brojem operacija s pomičnim zarezom u sekundi (engl. floating-point operations per second, kraće FLOPS) koje računalo može izvesti; osobno računalo može izvesti do desetke teraFLOPS-a, dok moderni HPC-i mogu izvesti stotine petaFLOPS-a, što rezultira faktorom ubrzanja od otprilike deset tisuća.

Takva su ubrzanja omogućena korištenjem modela paralelnog i distribuiranog programiranja. S performansama superračunala koje se približavaju exaFLOPS-u, arhitektura računala postaje sve heterogenija, dok su modeli programiranja sve složeniji. Konačno, HPC se sve više nudi kao usluga u oblaku, što predstavlja vlastiti skup izazova. Mnoga znanstvena područja ovise o korištenju superračunala za svoje izračune; posebno se računalna biokemija oslanja na superračunala za proučavanje i predviđanje strukture proteina, kao i njihove dinamike, funkcije i reaktivnosti s malim molekulama (ligandima).

Glavni interes Grupe za aplikacije i usluge na eksaskalarnoj istraživačkoj infrastrukturi je primjena eksaskalarnog računarstva za rješavanje problema u računalnoj biokemiji. Cilj je dizajnirati algoritme boljih performansi i ponuditi njihove implementacije za akademsku i industrijsku upotrebu. Računalni kemičari koji imaju pristup boljim alatima mogu proučavati postojeće sustave brže, detaljnije ili umjesto njih proučavati veće sustave.

Specifični fokusi u sadašnjosti su distribuirane arhitekture baza podataka kemijskih spojeva koje zadovoljavaju zahtjeve skalabilnosti i pouzdanosti visoko propusnih virtualnih pregleda, napredak algoritama molekulske dinamike koji im omogućuje učinkovito korištenje eksaskalarnih superračunalnih resursa te uspostavljanje hrvatskog centra kompetencija za HPC.

Metode

Grupa koristi i dalje razvija metode za predviđanje pristajanja liganda na protein, simulaciju molekularne dinamike, Monte Carlo metodu i druge računalne tehnike za proučavanje statičkih i dinamičkih svojstava biomolekulskih sustava. Interdisciplinarni pristup u grupi objedinjuje stručnost fizičara, matematičara, informatičara i računalnih znanstvenika. Temeljna motivacija je raditi bolju znanost na način otvorenog izbora; znanost je u suštini otvorena i takva bi trebala i ostati. Način otvorenog izvora uključuje otvorene formate datoteka, slobodni softver i softver otvorenog koda, otvoreni hardver, obrambeno licenciranje patenata i otvoreni pristup objavljenim radovima.

Kako se uključiti

Naš znanstveno-istraživački program zasniva se uvelike na razvoju softvera, fokusirajući se uglavnom na primjenu metoda heterogenog, paralelnog i distribuiranog programiranja u području računalne biokemije. Ako želite biti dio naše grupe, dobrodošli ste, ali molimo vas da pored intenzivnog rada na kolegijima u području kojim se grupa bavi razmislite o sljedećim točkama:

  • Potrebno je imati vještinu programiranja u C/C++-u i Pythonu te želju za radom sa softverom kao važnim dijelom znanstvenog istraživanja. To uključuje iskustvo s objektno orijentiranim dizajnom softvera, pisanjem testova, korištenjem i pisanjem API dokumentacije, primjenom sustava za upravljanje verzijama, debuggerima i profilerima.
  • Iskustvo s pojedinim razvojnim okruženjima, sustavima za praćenje grešaka, sustavima za kontinuiranu integraciju i ostalim pomoćnim alatima kao i poznavanje drugih programskih jezika (npr. JavaScript/TypeScript i PHP) je korisno.
  • Razvoj paralelnih programa korištenjem tehnologija kao što su pthreads, OpenMP, Threading Building Blocks, Taskflow, MPI, CUDA, OpenCL i SYCL na Linuxu/Unixu je vrlo korisno za rad u području, ali nije preduvjet.
  • Iskustvo sa sustavima za upravljanje oblacima kao što su OpenStack i HashiCorp (primarno Terraform, Packer i Vagrant) alati je korisno.
  • Potrebno je imati iskustvo u radu u sučelju naredbenog retka na Linuxu, FreeBSD-u, macOS-u ili bilo kojem drugom operacijskom sustavu sličnom Unixu (iako međusobno nisu isti, dovoljno su slični da se većina znanja s jednog može primijeniti na preostalima). Ako imate iskustva samo u radu s Windowsima, iako je ono općenito vrlo korisno, u ovom slučaju vam nažalost neće biti od velike pomoći.

Ako posjedujete ove vještine i entuzijazam za znanstveno-istraživačkim radom te se želite pridružiti našem istraživačkim i razvojnim aktivnostima, molimo da voditelju grupe pošaljete e-mail koji uključuje:

  • Kratki opis (50 do 100 riječi) vašeg istraživačkog interesa unutar nekog od aktualnih projekata na kojima grupa radi.
  • Primjer softvera u bilo kojem programskom jeziku za Linux/Unix koji ste napisali; može biti i projekt s nekog kolegija. Pritom je slanje izvornog koda softvera u obliku tar arhive sasvim u redu (nemojte koristiti vlasnički format RAR, njegovo korištenje ne implicira da ćete voziti Rari), ali poveznica na repozitorij s kodom na GitLabu ili GitHubu je preferirana. Priložite opis što vaš softver radi i kako, ili, još bolje, poveznicu na njegovu dokumentaciju. Ako vaš kod koristi neku od metoda heterogenog, paralelnog ili distribuiranog programiranja, to je vrlo korisno, ali nije preduvjet.

Povijest

Grupa je započela s radom u listopadu 2021. Izgrađena je na nasljeđu Laboratorija za računalne mreže, paralelizaciju i simulaciju (engl. Computer Networks, Parallelization, and Simulation Laboratory, kraće CNPSLab) koji je do listopada 2021. bio dio Odjela za informatiku.

Na zasebnoj stranici možete pročitati više o povijesti grupe.

Kontakt

E-pošta

Adrese e-pošte članova osoblja imaju sljedeći oblik: ime.prezime@inf.uniri.hr

Društvene mreže

Položaj

Grupa za aplikacije i usluge na eksaskalarnoj istraživačkoj infrastrukturi
Fakultet informatike i digitalnih tehnologija Sveučilišta u Rijeci
Radmile Matejčić 2
51000 Rijeka
Hrvatska

Poster

GASERI poster

Preuzimanje u formatu PDF (A3, položeno)

Author: Vedran Miletić