Preskočite na sadržaj

Znanstveni program mentora

Naziv doktorskog studija: Poslijediplomski sveučilišni doktorski studij Informatika

Potencijalni mentor

Područja znanstveno-istraživačkog rada mentora

  • Heterogeno računarstvo (engl. heterogeneous computing)
  • Računarstvo visokih performansi (engl. high-performance computing)
  • Računarstvo u oblaku (engl. cloud computing)
  • Računalno modeliranje u fizici i kemiji (engl. computer modelling in physics and chemistry)
  • Znanstveno računanje (engl. scientific computing)

Nositeljstvo kolegija na doktorskom studiju Informatika

Voditeljstvo i suradnja na tekućim projektima

Važniji radovi (u posljednjih 5 godina)

  1. Miletić, V., Nikolić, P. & Kinkela, D. Structure-based Molecular Docking in the Identification of Novel Inhibitors Targeting SARS-CoV-2 Main Protease. in 2021 44th International Convention on Information, Communication, and Electronic Technology (MIPRO), 435–440 (2021). doi:10.23919/MIPRO52101.2021.9596660
  2. Svedružić, Ž. M, Vrbnjak, K., Martinović, M. & Miletić, V. Structural Analysis of the Simultaneous Activation and Inhibition of γ-Secretase Activity in the Development of Drugs for Alzheimer’s Disease. Pharmaceutics 13(4), 514 (2021). doi:10.3390/pharmaceutics13040514 (WoS-SCIE, Q1 (2020), JIF: 6.321 (2020); times cited: 2)
  3. Miletić, V., Ašenbrener Katić, M. & Svedružić, Ž. High-throughput Virtual Screening Web Service Development for SARS-CoV-2 Drug Design. in 2020 43rd International Convention on Information, Communication, and Electronic Technology (MIPRO), 371–376 (2020). doi:10.23919/MIPRO48935.2020.9245082
  4. Herrera-Rodríguez, A., Miletić, V., Aponte-Santamaría, C. & Gräter, F. Molecular dynamics simulations of molecules in uniform flow. Biophys. J. 116(6), 621–632 (2019). doi:10.1016/j.bpj.2018.12.025 (WoS-SCIE, Q1, JIF: 3.854; times cited: 5)
  5. Franz, F., Aponte-Santamaría, C., Daday, C., Miletić, V. & Gräter, F. Stability of Biological Membranes upon Mechanical Indentation. J. Phys. Chem. B 122(28), 7073–7079 (2018). doi:10.1021/acs.jpcb.8b01861 (WoS-SCIE, Q2, JIF: 2.923; times cited: 2)
  6. Miletić, V., Odorčić, I., Nikolić, P. & Svedružić, Ž. M. In silico design of the first DNA-independent mechanism-based inhibitor of mammalian DNA methyltransferase Dnmt1. PLOS ONE 12(4), e0174410 (2017). doi:10.1371/journal.pone.0174410 (WoS-SCIE, Q1, JIF: 2.766; times cited: 14)

Okvirna područja istraživanja i tema doktorata

  • Prilagodba aplikacija koje koriste Open Multi-Processing (OpenMP), Message Passing Interface (MPI) i paralelizam zasnovan na zadaćama za eksaskalarna superračunala
  • Prilagodba metoda visokoprotočnog molekulskog probira i simulacije molekulske dinamike za izvođenje u računalnom oblaku
  • Automatizacija tijeka rada i stvaranje cjevovoda za analizu molekula prema znanstvenoistraživačkim potrebama
  • Primjena strojnog učenja u pripremi ulaznih podataka i obradi izlaznih podataka visokoprotočnog molekulskog probira i simulacije molekulske dinamike
  • Primjena automatske paralelizacije programa od strane program-prevoditelja u heterogenim računalnim sustavima

Author: Vedran Miletić